Wegen dem evtl. Schnupfenträger würde ich mir keine Sorgen machen. Das können praktisch, theoretisch alle Kaninchen sein und bauen doch einen Impfschutz auf.

Der Darm ist aber wichtig für das Immunsystem und gerade der Blinddarm ist für Kaninchen extrem wichtig. Wenn, das alles aus dem Gleichgewicht ist würde ich ihn nicht Impfen lassen.
Wenn sich eine chronische Krankheit eingespielt hat (EC,Schnupfen,Otitis usw.), das Tier gut damit leben kann, seine Gewicht hält und es kein dauerhaftes auf und ab gibt, lasse ich die Tiere auch impfen. Das muss man aber immer von Fall zu Fall abwägen.

In eine akute Erkrankung hinein würde ich das auf keinen Fall machen.