Um was für Kaninchen handelt es sich denn?
Sind es Zwerge?

Und wie leben die Beiden denn später zusammen?
Also wie viel Platz haben sie zur Verfügung?

Ich würde beide auch mind. 10 Tage trennen und die VG an einem neutralen Ort durchführen - sprich, an einem Ort an dem Beide vorher noch nie waren.
Außerdem würde ich Kartons mit 2 Ausgängen aufstellen.

Bei der Kastration solltest du darauf achten, dass die Wunden immer schön aussehen und sie sich nicht wund lecken, eventuell das Klo in den ersten Tag mit Leintüchern auslegen.