Wie genau wurde denn der Kot untersucht? Mit Böbbeln von verschiedenen Tagen /Stellen? Tesaabklatsch? Wurde er noch vor Ort untersucht oder in ein Labor geschickt? Kokzidien treten z.B. zyklisch auf. Da kann eine Probe sauber sein und die nächste ist dann übervoll.
Ansonsten würde mir noch eine bakteriologische Kotprobe einfallen. Da wurde schon so Manches entdeckt, was für Probleme sorgt.

Ist die Kleine denn kastriert? Wurde die Gebärmutter mal untersucht (abgetastet, Ultraschall)?

Das wären jetzt erst mal die Sachen, die mir so einfallen. Aber vielleicht hat einer eine viel bessere Idee.