Ohne Bilder kann ich mir deine Schutzhütte gerade nicht so ganz vorstellen... aber grundsätzlich würde ich denken, dass die Größe des Eingangs nicht so wirklich von Belang ist: bei diversen Aus- und Einbruchsversuchen konnte ich immer wieder feststellen, dass ein Kaninchen durch die kleinste Ritze passt...
aber Spaß beiseite: unsere Eingänge sind ca. 25 cm hoch und breit, die Stallhasen passten da locker durch, und auch bei den Riesenschecken gibt es bislang noch keine Probleme... und wenn die Schutzhütte nicht gar zu massiv ist, könnte es ohnehin passieren, dass die Nins nachhelfen, wenn der Eingang verbreitert werden muss...

Was meinst Du mit "Holz unten"? Die Unterseite des Stalles? Oder einen Pieselschutz für innen? Bei letzterem könntest Du entsprechende Wannen besorgen, bei der Unterseite würde ich darauf achten, dass die Hütte nicht direkt auf der Erde steht, sondern besser auf Steinen o.ä.